퍼머넌트 웨이브는 주로 시스틴(cystine)이라는 아미노산과 관련이 있습니다. 머리카락의 케라틴 구조에서 시스틴은 이황화 결합(disulfide bond)을 형성하여 머리카락의 모양과 강도를 결정짓습니다. 퍼머넌트 웨이브 과정에서는 이러한 이황화 결합을 끊고 재형성하여 원하는 모양을 유지하게 됩니다. 따라서, 시스틴이 퍼머넌트 웨이브의 형성에 직접적으로 관련이 있습니다. 알라닌, 멜라닌, 티로신은 이러한 이황화 결합 형성에 직접적인 역할을 하지 않으므로 퍼머넌트 웨이브와는 관련이 없습니다.